Alle Kivanta, Klean Kanteen Classic und Wide Klean Kanteen™ Flaschen können in der Spülmaschine gespült werden. Die Flaschen aus gebürstetem Edelstahl eignen sich dazu besonders, die lackierten Flaschen nehmen mittelfristig an der Oberfläche Schaden, da sie im Geschirrspüler unsanft gegen harte Töpfe, Schüsseln oder die Wand des Gerätes geraten können und der Lack verkratzen oder absplittern kann. Auch sind die Temperaturen, insbesondere in der Trocknungsphase so hoch, dass der umweltverträgliche und gesundheitlich unbedenkliche Lack sich vom Untergrund ablösen kann. Die Lacke der Farben könnten auch theoretisch ihre Farbe in dieser Hitze verändern. Der Grund dafür ist, dass die Farben selbstverständlich kein Blei enthalten. Dieses wird normalerweise in Lacken dafür eingesetzt, die Farben zu stabilisieren. Möchte man kein Risiko eingehen, so sollte man die lackierten Flaschen immer von Hand spülen.
Auch manche Verschlüsse können in den Geschirrspüler: Alle Kivanta Verschlüsse, der Klean Kanteen Sippy Verschluss, der Classic Loop, der All Stainless und der Sport Deckel sind aus Polypropylen und auch der Café Deckel der Wide Flasche sind spülmaschinengeeignet. Die Flat Cap, der Bambus Deckel und die Wide Verschlüsse aus Edelstahl sind nicht für die Spülmaschine geeignet. Die isolierten Klean Kanteen Wide Flaschen sollte man keinesfalls in die Spülmaschine stellen, da sich das Metall während des Spül- und Trockengangs in der Spülmaschine ausdehnt und zusammenzieht und dadurch das isolierend wirkende Vakuum verloren gehen kann. Die isolierte Flasche verliert dann ihre Isolierwirkung.
Zur gründlichen Reinigung, z.B. direkt nach dem Kauf der Klean Kanteen™ oder dem Einfüllen von Milch oder Kakao, kann man warmes Wasser, etwas Spülmittel und eine Flaschenbürste verwenden. Aber auch ein ganz altmodischer Reiniger kann zum Einsatz kommen: verdünnter Essig oder Wasser mit Natron. Für die tägliche Reinigung genügt es, die Flasche mit warmem Wasser und ein wenig Spülmittel auszuspülen und dann mit der Öffnung nach unten trocken lassen.